Поскольку Ватикан был частью Рима, на него распространялась практика применения смертной казни как во времена Святой инквизиции, так и в период ее упадка. Так же как и во всей Италии, смертная казнь приводилась в исполнение светскими властями и фактически одобрялась Святым престолом с момента его образования. Существует множество трудов религиозных деятелей, где одобрялось вынесение и исполнение смертных приговоров светскими властями, начиная с труда Аврелия Августина «О Граде Божьем», написанного в 413-427 гг.

После объединения Италии в 1861 г. и перехода столицы в Рим в 1870 г. смертная казнь в Ватикане не может выноситься де-факто — Папская область не признается вновь образованным государством. Последний узник был казнен по обвинению в убийстве 9 июля 1870 года. Все преступления попадают под юрисдикцию Италии, где смертная казнь отменена с 1889 года.

После разрешения «Римского вопроса» в 1929 году вновь созданное государство Ватикан официально рассматривает смертную казнь как попытку покушения на Папу. Эта норма существовала до 1969 года, когда Папа Павел VI, реализуя и другие реформы после Второго Ватиканского Собора, исключил возможность применения этого наказания. Общественности это стало известно лишь в 1971 году, после обвинения Папы Павла VI в лицемерии — он открыто критиковал Испанию и Советский союз за применение смертной казни.

В течение 40 лет действия в Ватикане закона о смертной казни за посягательство на жизнь Папы не было ни одного такого покушения. Подобное преступление было совершено в мае 1981 г. против Папы Иоанна Павла II, который не только исключил смертную казнь из Основного закона Ватикана в 2000 году, но и попросил прощения за грехи церкви, включая инквизицию и нарушения прав человека.

Через несколько дней после покушения, находясь в больнице, Папа Иоанн Павел II записал обращение к верующим, в котором сказал, что простил напавшего на него Мехмета Али Агджу и молится о нем. В 1983 году Иоанн Павел II посетил Агджу в тюрьме, между ними состоялся конфиденциальный разговор, о содержании которого ничего неизвестно. Впоследствии понтифик просил итальянские власти помиловать преступника. В своей книге "Память и идентичность: Беседы на заре тысячелетия" Иоанн Павел II написал: "Али Агджа, как все говорят, профессиональный убийца... Эта стрельба была не его инициативой, кто-то другой ее спланировал, кто-то другой нанял его".

Мехмет Али Агджа был помилован президентом Карло Адзельо Чампи в 2000 году. После этого его выдали Турции, где террорист вместо смертного приговора, вынесенного ему в 1980 году властями Турции за другие преступления, получил срок. Находясь в турецкой тюрьме, он заявил СМИ о переходе в католицизм. В январе 2010 года он был освобожден и через 31 год после конфиденциального разговора с Павлом II возложил цветы на его могилу в Ватикане.